200年前,超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽,人类发明了超元卡装置,将怪兽封印在超元卡中。云天是一位热爱超元卡比赛的少年,但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天,他意外获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡,希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。